Presentación 16 Noviembre 2007
Posted by formulacionmagistral in Concurso.trackback
Bueno, pues lo primero es presentarse a uno y al proyecto asi que:
Yo
Me llamo Alvaro Cortes y soy estudiante de 4º de Farmacia en la Universidad Complutense de Madrid pero ahora mismo estoy de Erasmus investigador (juas) en Londres 
Proyecto
El proyecto este surgio como una idea de mi tutor en la investigacion (José, un saludo!) que quería hacer justo lo contrario de lo que hace todo el mundo: buscar moleculas naturales en vez de sintéticos (Viva la farmacognosia!). Y así me dije, bueno, pues es una buena idea, sobre todo porque la gente de zonas como pocos posibles pueden usar el vegetal. Asi que miré un poco lo que había ya hecho y encontre software de Daylight(TM) que hace un poco esto y aparte OpenBabel (openbabel.sf.net – Opensource). Aún asi o no era gratis o no era específico de moléculas naturales y sobre todo que estaba escrito en C++ (puff), entonces me dije presentalo al concurso e introduce nuevos conceptos y sobre todo: ESCRIBELO EN C!!!
Contada la historieta ahora los detalles técnicos aburridos:
Voy a escribir un sistema de filtrado de bases de datos de moléculas basado totalmente en plugins que permiten aplicar técnicas de busqueda ya conocidas (fingerprints, busqueda farmacoforos) o nuevas por venir sin estar diseñado para ello. El proyecto utilizará los formatos estandares para intercambio de informacion química a gran escala (no, SMILES, no) MOL y SD de DayLight(TM) que utilizan tablas de conexión para expresar la molécula. Se proveera de dos librerias basicas para manipulacion de moleculas y prevision de propiedades básicas (Ej: Rule of Five de Lipinski, MlogP, indices de complejidad, etc…), pero sobre todo permitirá una busqueda personalizada y sencilla con filtros y coeficientes que elija el usuario, y lo mas importante, orientado a moléculas naturales (terpenos y derivados fenolicos de aceites esenciales, alcaloides, etc…). Todo con una interfaz gráfica, pero sin perder la opción de utilizar comandos para procesos batch.
Resumiendo:
ÚTIL, que sirva para investigar.
Escrito en C (rapido, rapido).
Orientado a moléculas naturales.
Expandible facilmente por filtros/plugins.
Fácil uso (Suitable for human scientifics).
Bueno, pues esto solo es el principio, ya ire contando.
Una pequeña duda… ¿qué tiene de malo C++ desde el punto de vista de la eficiencia?
Por lo demás, ¡no quiero ser negativo! El proyecto es una gran idea y espero que salga adelante, desde luego, es mucho más útil para la humanidad que el mío
¡Ánimo!
Hola,ésto parece más inteligencia artificial,o no? mucha suerte con tu proyecto, no dudes en preguntarnos a los informáticos dudas de programación en C ,solemos dar en dicho lenguaje varias asignaturas de los primeros cursos de la carrera XDD aunque algun@s no quieran jaja y además tenemos otras asignaturas como Modelos de la Inteligencia Artificial o IA a secas…
¡Ánimo con esos organismos virtuales!
Saludos.
Hola,
Contestaros un poco a las cuestiones que me habeis contestado:
3. Gracias por la ayuda, de verdad, a lo mejor la necesito porque aunque llevo un tiempo programando en C (unos añillos) no soy todo lo bueno que quisiera….ejem.
Lo de la AI mas bien no. Tiene bastante mas de quimica que otra cosa (enlaces, funciones, estereoquimica, etc…) y los algoritmos que tengo pensados son mas bien facilones pero muy muy eficientes para busquedas masivas. Ya ire poniendo en algun lado mi base teorica por si alguien mas le interesa aprender algo de “cheminformatics”.
1. Respecto a C++, internet esta llena foros dondes se discute C puro vs resto del mundo. Es cuestion de preferencia personal, yo, simplemente, no me sale programar en C++, para objetos ya tengo Java…pero es muy personal.